苗医源远流长，发展至今，苗家医药已经有三、四千年的历史。苗族的医药常常与神秘、神奇这样的词汇联系在一起，自成体系，尤以其内病外治的疗法闻名中外，成为民族医药的一枝奇葩。苗族民间还有“千年苗医，万年苗药”之说。有神农“尝百草、识药效，除病痛，始创医学”；“蚩尤传神药、医治百病”；“祝融传熟食，传按摩强身健体术”；“欢究传丹砂、消疫除瘟”；“苗父药到病除，神传疾解”；“药王餐风露宿寻找药方，传承‘三千苗药，八百单方’”的苗医远古原始医药历史。

苗族人民在长期的生产活动和与疾病、伤害作斗争的实践中，积累了丰富的、宝贵的医疗经验，成为我国传统医药宝库中的一部分。苗医对病因的认知和对疾病的命名、分类等，皆具有浓厚的民族特色。

黔东南苗医主要哲学思想是在一分为二指导下的医学基础，有“两纲”、“五经”、“三十六症”、“七十二疾”之说。如两纲即冷病、热病；两种药性，即冷药，热药；病因分为两因，即内损和外因；治疗原则分为冷病热药治，热病冷药治。在人体物质结构上，认为气（苯）、血（象）、水(沃）是重要组成部分。人的生、老、病、死与气、血、水有密切关系。在治疗方法上，有内治法和外治法。苗医外治法大体上分为七大类：针类有瓦针、温针、油针、硫磺针、糖药针、植物刺针疗法；灸类有药灸、姜灸、蒜灸、盐灸、辣椒灸、火酒灸、鹿麻灸、烧灯火、烧药火等灸法；拔筒类有火拔筒、纸媒筒、气角筒等；推擦类有推拿、按摩、拍水、拍醋、拍酒、滚蛋、刮铜钱、刮脊抽腿疗法等，敷熨类有外敷、机贴、热赞、发泡疗法等；熏洗类有熏蒸、烟熏、外洗、沐浴疗法等；放血割脂类有放血、针挑疗法。

苗医通过望、听、嗅、问、摸、弹等方法搜集疾病表现的各种症状和体征，结合天时地域及其他条件进行综合分析，辨清冷、热二病，分别所属病证，为治疗原则和具体治法提供重要依据。

苗医用药多是植物药、动物药及少量矿物药。药的特征归纳起来有热、冷和不热不冷三种；热药可治冷病，冷药可治热病，和药可补体质、治亏损病。药物的“结构素质”决定药力及药性：“质粘者易消化，补气力，清头脑；质糯者难消化，强筋生血，易伤肚；质沙者好吃，补血肉，和血脉，较难消化，容易产生多屁；质面者糊口，补肉补气，利关节，较易消化，多食令人胃弱......”。